Исследователи Йельского университета применили новый вычислительный набор для анализа плохо сохранившейся ДНК музейных образцов гигантских черепах с Галапагосов. В отдельных случаях удавалось прочесть меньше 1% генома. Этого хватило, чтобы выявить следы двух островных линий, которых больше нет. Статья опубликована в Proceedings of the Royal Society B; о ней рассказал SciTechDaily. Об этом сообщает сайт MiraNews.
Древняя ДНК распадается на множество фрагментов, поэтому родственные связи восстанавливать трудно. Исследователи соединили несколько инструментов, предназначенных для поврежденного генетического материала. Подход дал шанс использовать данные, которые обычно сочли бы непригодными при стандартном геномном анализе.
Материалом стали высушенные кости из музейных коллекций. Пять образцов принадлежали двум исчезнувшим линиям. Их фрагменты сравнили с эталонным филогенетическим деревом, которое построили по качественным геномам современных животных и другим историческим образцам.
Так удалось определить, что часть образцов относится к вымершим линиям островов Сан-Кристобаль и Санта-Фе. Руководитель работы Александр Очоа назвал главной трудностью восстановление генетических связей при сильном разрушении ДНК и заметном загрязнении музейного материала. Проект шел в лаборатории Адальгисы Какконе, изучающей генетическое разнообразие галапагосских гигантских черепах. Работу поддержали Galapagos Conservancy, Turtle Taxonomy Fund, Natural Environment Research Council, Re:wild, Йельский центр биосферных исследований и Университета Ньюкасла.
Очоа говорит, что генетические следы исчезнувших популяций могут оставаться у современных гибридных черепах. В прошлом моряки перевозили животных между островами и использовали как продовольствие. Часть перемещенных особей выжила и оставила потомство с черепахами других островов, поэтому разведение в неволе способно помочь вернуть геномы вымерших линий. Авторы считают, что вычислительные инструменты пригодны и для более широких задач охраны дикой природы.