В Центральном университете создан вычислительный метод, который за часы сужает перебор генов-кандидатов, связанных с колоректальным раком. Исследование опубликовано в International Journal of Molecular Sciences. Об этом сообщает сайт Коммерсантъ Наука.
Алгоритм совмещает три слоя информации: контакты длинной некодирующей РНК SNHG1 с ДНК, метки активности генов и расположение суперэнхансеров. Пересечение этих данных указывает на участки генома, где SNHG1, вероятно, регулирует экспрессию генов в раковых клетках.
Проверка на клетках рака толстой кишки дала список из 12 потенциальных генов-мишеней. Их активность повышена в опухолях пациентов и связана с уровнем SNHG1. Содержание этой РНК в опухолевой ткани более чем втрое выше, чем в здоровой, что показал анализ свыше 500 образцов.
Среди найденных генов есть TOP1 — мишень препарата иринотекан, применяемого для лечения колоректального рака. Авторы отмечают: результаты требуют экспериментального подтверждения, поскольку получены вычислительными средствами.