Исследователи из онкологического центра Вандербильта-Ингрэма построили молекулярную карту рака молочной железы. В ее основу легли данные 7612 опухолей, собранные в 22 независимых исследованиях. Результаты опубликованы в Cell Reports Medicine. Об этом сообщает сайт Известия.
Ученые анализировали транскриптом — набор молекул РНК клеток. По нему видно, какие гены работают в опухоли. Чтобы свести массивы из разных платформ секвенирования, команда адаптировала вычислительные методы, ранее применявшиеся для изучения отдельных клеток. Это позволило сгруппировать новообразования по биологическому сходству. На визуальной карте такие группы выглядят как отдельные острова архипелага.
Атлас помог описать несколько прежде малоизученных групп: стволоподобные, муцинозные, нейроэндокринно-дифференцированные и базально-люминальные опухоли-предшественники. Особый интерес вызвала нейроэндокринно-дифференцированная форма. После стандартной химиоэндокринной терапии она дает менее благоприятные исходы. Анализ также указал на белок FGFR1 как возможную терапевтическую мишень, хотя новую схему лечения для таких пациентов пока не создали.
Отдельный вывод касается опухолей с низкой экспрессией рецепторов эстрогена. По биологическим свойствам они ближе к ER-отрицательным новообразованиям, чем к ER-положительным, куда их обычно относят. Значит, деление по рецепторному статусу не всегда передает все особенности болезни.
Внутри привычных категорий тоже нашлась неоднородность. Среди HER2-положительных опухолей выделили подтипы с разной зависимостью от сигнального пути HER2. Это может пригодиться при поиске групп, которые лучше отвечают на ингибиторы HER2-киназы. Описали и базально-люминальный подтип опухолей-предшественников из группы трижды негативного рака. У него агрессивные биологические черты и неблагоприятный прогноз после химиотерапии. Предполагаемые уязвимости связаны с путями RTK/MAPK и образованием кровеносных сосудов.
Кроме карты, исследователи создали инструмент для определения молекулярного подтипа по данным массового секвенирования РНК. В будущем он может помочь сопоставлять биологию опухоли с результатами лечения и точнее набирать участников клинических испытаний. Авторы подчеркивают: выявленные особенности пока не меняют повседневную практику. Следующий шаг — проспективная проверка. Она должна показать, улучшает ли выбор терапии на основе транскрипционных подтипов исходы для пациентов.