Специалисты Курчатовского института восстановили геном микроба, утраченного в лаборатории, и обнаружили его родственников в водоёме Бурятии. Работа опиралась на следы ДНК, сохранённые в базе. Об этом пишет Московский Комсомолец Улан-Удэ.
В 2011 году из озера Умхей исследователи получили живой штамм Um 2. Сведения о маркерных участках его ДНК тогда внесли в генетическую базу. Спустя три года культура погибла, поэтому доступ к живым клеткам пропал. На выручку пришла метагеномика: ранее секвенированные фрагменты применили как «отпечаток пальца».
Среди тысяч длинных последовательностей биоинформатические методы помогли вычленить принадлежащие этому организму. Профиль одного из новых образцов, собранных в озере, совпал с ориентиром. Так геном исчезнувшего микроба удалось воссоздать без повторного выделения чистой культуры.
В работе участвовали сотрудники НИЦ «Курчатовский институт» и ФИЦ биотехнологии РАН. Они описали ранее неизвестный нитчатый мезофильный аноксигенный фототроф — бактерию, которая осуществляет фотосинтез, не выделяя кислород. Вид предложено именовать «Candidatus Viridifilum namsaraevi» в честь Баира Намсараева, советского и российского учёного, изучавшего микробиологию сибирских термальных источников.
По словам Степана Тощакова, заведующего лабораторией «Геномная фабрика» Курчатовского геномного центра, исследование расширяет представления о таких микроорганизмах и даёт новые геномные данные об их приспособлении к щелочной среде с умеренной температурой. Соединение классического выращивания и метагеномики позволяет изучать труднокультивируемые штаммы, включая микробную «тёмную материю».
Результаты опубликованы в FEMS Microbiology Letters. Понимание этой группы фототрофов поможет прояснить ранние этапы фотосинтеза и энергетических систем клетки, а также их роль в солёных, содовых водоёмах и серных источниках. Подобные организмы перспективны для биотехнологий благодаря ферментным системам и метаболическим путям.