Генетики проанализировали ядерную ДНК неандертальца из Тешик-Таша
Биоинформатики разработали инструмент, который позволяет разбирать древние геномы с очень сильным загрязнением ДНК современного человека. С его помощью удалось проанализировать частично сохранившийся геном ребенка-неандертальца, найденного в гроте Тешик-Таш. Препринт статьи выложен на сайте bioRxiv.org. Эту информацию сообщает издание N + 1.
Летом 1938–1939 годов советская экспедиция вела раскопки на юго-западе Узбекистана, близ города Байсун. Руководил работами известный исследователь Алексей Окладников. В горной местности ученых привлек грот Тешик-Таш со следами пребывания людей палеолита. Именно останки ребенка примерно 8–12 лет сделали этот памятник широко известным. Череп указывал на крайне крупный головной мозг. Возможно, мальчика намеренно похоронили, хотя многие археологи сомневаются, что тело действительно опустили в неглубокую яму. Возле скелета обнаружили несколько рогов козла Capra sibirica — их часть исследователей считает символическим подношением.
В 2007 году немецкие палеогенетики под руководством Сванте Паабо прочитали лишь часть митохондриальной ДНК этого индивида. Данных было немного, но вывод они сделали: останки, скорее всего, неандертальские. Позже Бенжамин Петер из Института эволюционной антропологии Общества Макса Планка вместе с коллегами из Германии, Израиля, Канады, России и США вернулся к образцу. Ядерный геном прочитать не получалось: библиотеки для секвенирования оказались чересчур загрязнены, в них попала ДНК современных людей. Тогда биоинформатики создали admixslug. По словам авторов, он подходит и для сильно загрязненных образцов, и для низкого качества прочтения. Метод проверили на неандертальце из Мезмайской пещеры (Mezmaiskaya-2), жившем около 45 тысяч лет назад.
Затем исследователи взялись за ДНК ребенка: в 2015 году для секвенирования взяли кусок височной кости, а в 2019-м — часть длинной кости. Выводы подтвердились: останки принадлежали мальчику. То же показывает палеопротеомный анализ зубной эмали, его результаты опубликуют отдельно. Генетически ребенок из Узбекистана ближе к европейским неандертальцам — тем, чей геном представляет поздняя неандерталка из пещеры Виндия в Хорватии. Впрочем, популяции разошлись примерно 100–80 тысяч лет назад. Дальше от нее оказались алтайские неандертальцы: обитатели Денисовой пещеры возрастом 120–110 тысяч лет и более поздние люди из Чагырской пещеры, жившие 59–51 тысячу лет назад. Примеси от денисовцев, которые теоретически могли жить по соседству с мальчиком в южных районах Центральной Азии, в его геноме не нашли.
Отдельно другая группа палеогенетиков проанализировала митохондриальные геномы примерно пятидесяти неандертальцев из Европы. У поздних представителей вида на западе континента, живших между 57 и 40 тысячами лет назад, разнообразие митохондрий оказалось крайне низким. Причина, вероятно, в бутылочном горлышке, через которое прошли их предки в один из пиков оледенения.
