У пациентов с раком простаты выявили ДНК 18 неизвестных видов бактерий
Британские исследователи обнаружили в образцах людей с раком простаты генетические следы 18 видов бактерий, о которых наука ранее не знала. Найденное представляет собой восстановленные последовательности ДНК, а не выращенные в лаборатории штаммы. Об этом пишет сайт Известия.
Работу вели с материалами проекта Pan Prostate Cancer Group, собравшего молекулярные сведения более чем о 2 тыс. опухолей; участвовали ученые из девяти государств. Проверку прошли 2176 наборов данных секвенирования. Эти наборы включали слюну, кровь и опухолевую ткань. Из этой информации удалось собрать 249 практически полных микробных геномов, связанных с материалами 194 пациентов. Для 24 геномов совпадений среди зарегистрированных видов не нашлось — так описали 18 новых организмов, а 16 получили предварительные названия, включая Candidatus Porphyromonas leptis и Candidatus Treponema oralis.
Обычно при поиске изменений в человеческой ДНК фрагменты, не совпадающие с ней, отбрасывают. Специалисты Университета Восточной Англии такие участки сохранили и применили метагеномную сборку, восстанавливающую микробные геномы из коротких кусочков. По словам первого автора Абрахама Гихави, материал уже был получен и оплачен для другой задачи, а бактериальные следы лежали в той части, которую обычно игнорируют. Ни новые образцы, ни повторное секвенирование не потребовались.
Чаще всего удавалось собрать геномы рода Porphyromonas, включая Porphyromonas gingivalis, связанную с болезнями десен. Среди находок есть и представители Treponema. Большинство организмов связано с полостью рта; во рту микробов больше, чем в ткани простаты, поэтому их ДНК проще собрать. Преобладание ротовых бактерий не доказывает их переход в простату или участие в росте опухоли, тем более что анализ включал слюну.
Еще в работе 2022 года группа анаэробных бактерий, способных жить без кислорода, связывалась с более чем двукратным риском прогрессирования болезни. Часть таких микробов обычно обитает во рту, однако это не подтверждает причинность и не позволяет приписать эффект каждому из 18 видов. Многие бактерии пока не удается вырастить в лаборатории; без эталонного генома труднее создать тест на конкретный вид. Новые последовательности помогают: Гихави отметил, что теперь можно разрабатывать тесты, подбирать условия культивирования и изучать гены микробов, а авторы уже спрогнозировали условия выращивания и создали проверенный ДНК-тест на один вид.
Практический интерес связан с возможностью воздействовать на бактерии. Если дальнейшие работы покажут, что конкретный микроб способствует агрессивному течению рака простаты, он станет мишенью для профилактики или лечения. Профессор Колин Купер подчеркнул: авторы не утверждают, что эти бактерии вызывают рак; они нашли микроорганизмы, дали названия и создали инструменты для изучения. Следующий этап — выделить штаммы из образцов пациентов и проверить предположения, возникшие при анализе ДНК.
